Comenio fue el primero que presento una metodología de la educación basada en la unión de la pedagogía con la didáctica. Con este sistema quería dirigir la progresión moral e intelectual del alumno.
- La escuela maternal, de los 0 a los 6 años, para su explicación Comenio escribió un libro, Información de la escuela del regazo maternal donde explicaba lo que debían aprender los niños. En esta etapa el niño debe adquirir un comportamiento adecuado y unas nociones básicas sobre la vida, ya que es ahora cuando el ser es blando y moldeable (como expone el autor en la Didáctica Magna).
- La escuela elemental, de los 6 a los 12, tiene el objetivo de preparar al niño para la vida practica y también para los estudios posteriores; así como cultivar la imaginación, la inteligencia y la memoria. A esta escuela deben acudir todos los niños, no solo los de padres ricos o clases sociales altas, porque los campesinos y similares también deben recibir una educación adecuada.

Comenio, Juan Amós Obra Didáctica Magna. Trata la forma de educar a los niños y de dirigir bien la escuela. Esta obra puede dividirse:
1. Principios generales:
- Naturaleza y destino del hombre. El hombre tenía tres clases de vida. Antes del nacimiento, vegetativa; animal y razona sobre la tierra y espiritual en el cielo.. La vida terrenal es lo más importante porque lo prepara para su verdadero destino, la vida espiritual
- La educación debe comenzarse tan pronto como sea posible.
- Enseñanza colectiva. Es mejor educarlos en compañía de otros porque la alegría y el estímulo de la escuela son insustituibles.
- Todos los niños tienen derecho a la educación, porque todos se encaminan hacia el mismo destino.
Educación Integral. Todos deben tener nociones de diferentes ciencias.

Según Comenio, la infancia es la etapa donde se puede ejercitar a los niños en las artes y en los oficios; en esta etapa de la vida también se debe imbuir la piedad.
Comenio le da la debida importancia a la infancia, tiene clara la concepción de ella, aunque la reduce a la etapa que comprende la educación materna, es decir hasta los seis años.
La infancia es determinante para la formación del hombre, su naturaleza misma permite su pleno desenvolvimiento y en él destaca la disciplina. (COMENIO, 2000, 16) ¿Quiénes deben formar a los infantes? Los primeros cuidados y la primera formación les corresponden a los padres y, posteriormente, a los preceptores. (COMENIO, 2000, 10)

Cuando Comenio habla de la formación, también se refiere a la educación y dice que es necesario educar y formar al niño desde su hogar con sanos preceptos de la vida. ¿Qué fines persigue la educación con respecto al hombre? Sócrates ya advertía que la esencia humana sólo se logra a través de la educación: "...la educación lleva al conocimiento, y éste asegura la virtud, porque el malo lo es en la medida en que desconoce el bien. Propiamente aquí nace la reflexión filosófica acerca de la educación: se le reconoce como una esencia, capaz de modelar la naturaleza humana, con sentido dignificante.

Pensamiento
Comenio definió la educación como el artede hacer germinar las semillas interiores que se desarrollan no por incubación sino cuando se estimulan con oportunas experiencias, suficientemente variadas y ricas y sentidas siempre como nuevas, incluso por quién la enseña.
Concibe la educación como un sistema donde el niño y el sujeto del acto educativo en general es el centro de la atención.
Con el desarrollo de sus obras literarias y los pensamientos pedagógicos, Comenio logra un sitial importante en la educación mundial. Es precursor de la educación audiovisual y catalogado padre de la didáctica.

Comenio inicia en Suecia su reforma educativa, revolucionando métodos, textos y escuelas, en forma paidocéntrica, beneficiando la educación popular; en la ciudad Sueca de Leyden se entrevistan Comenio y Descartes, dos revolucionarios pero en diferentes disciplinas; Comenio daba como centro de la educación al alumno, Descartes establecía como punto de partida del conocimiento a la razón. Estos dos revolucionarios aparecen en el inicio del ocaso medieval de la Escolástica. Así surgen filósofos y posteriormente pedagogos que guiaron a la razón y a la conducta de occidente por senderos de experiencia en la edad moderna

Su Orbis Pictus (1658) muestra un mundo visible en dibujos, un libro para el aprendizaje del latín, que parece ser el primer libro ilustrado para niños. Hoy en día podemos encontrar muchos libros ilustrados y deberíamos tener en cuenta a Comenio, quien, podemos claramente decir que los inventó. Incluso Goethe, cuya niñez transcurrió cien años después de la publicación del Orbis Pictus, considera, con el mayor agradecimiento a este librito como uno de sus primeros tesoros. Durante todo el siglo siguiente, fue imitado con ediciones cada vez más lujosas.
Pero quizá su obra más personal sea El laberinto del mundo y el paraíso del corazón, una incisiva sátira social en la que propone que el filósofo debe refugiarse en el interior de sí mismo, en el que llama «el paraíso del corazón»