Su énfasis en el método y en las relaciones significativas tales como las relaciones entre el hombre y el mundo entre la educación general y el conocimiento especializado, entre la ciencia y la sociedad, entre el individuo y la sociedad, etc., plantearon posteriores problemas que necesitaron solución. Aunque limitado por sus estudios y utópico en su tiempo, su sistema de una educación comprensiva y como proceso para toda la vida, su meta de integrar las actividades creativas humanas y sus principios para una amplia reforma social basada en la integración de la teoría, la práctica y la crisis, aún dan estímulo al pensamiento contemporáneo.
Estructuró el mundo armónicamente concebido como totalidad en tres estratos fundamentales: la naturaleza el hombre y Dios. Estaba convencido de que cualquier fenómeno del mundo tiene su base objetiva en la unidad del cosmos creado por el Dios perfecto. A partir de la armonía del macrocosmos Comenio dedujo que el hombre, igualmente, debe convertirse en un todo armónico si han de desarrollarse plenamente todas sus potencialidades y habilidades, y no simplemente la razón.