Su Orbis Pictus (1658) muestra un mundo visible en dibujos, un libro para el aprendizaje del latín, que parece ser el primer libro ilustrado para niños. Hoy en día podemos encontrar muchos libros ilustrados y deberíamos tener en cuenta a Comenio, quien, podemos claramente decir que los inventó. Incluso Goethe, cuya niñez transcurrió cien años después de la publicación del Orbis Pictus, considera, con el mayor agradecimiento a este librito como uno de sus primeros tesoros. Durante todo el siglo siguiente, fue imitado con ediciones cada vez más lujosas.
Pero quizá su obra más personal sea El laberinto del mundo y el paraíso del corazón, una incisiva sátira social en la que propone que el filósofo debe refugiarse en el interior de sí mismo, en el que llama «el paraíso del corazón»